Näytteenantajan tietojen tarkka suojaaminen on lähtökohta koko biopankkitoiminnalle.

Biopankki käsittelee näytteenantajan tietoja luottamuksellisesti. Tieto näytteenantajan henkilöllisyydestä säilytetään erillään näytetiedoista. Biopankki poistaa säilyttämistään näytteistä ja niihin liittyvistä tiedoista näytteenantajan henkilötiedot ja korvaa ne koodilla.

Biopankki luovuttaa näytteitä ja niihin liittyviä tietoja tutkimukseen pääsääntöisesti ilman henkilön tunnistetietoja.

Mahdollisuus yhdistää näyte tarvittaessa tiettyyn henkilöön on tärkeää siksi, että biopankkitutkimukset voivat tarjota näytteenantajalle tai hänen läheisilleen uutta tietoa sairauksista tai niiden hoitokeinoista. Näytteenantajan henkilöllisyyden selvittäminen (koodin avaus) tapahtuu biopankin johtajan vastuulla ja valvonnassa.

Henkilötietojen käsittelyä biopankissa säätelevät biopankkilaki, sekä myös henkilötietolaki, laki viranomaisen toiminnan julkisuudesta sekä laki lääketieteellisestä tutkimuksesta. Biopankin henkilörekistereitä käsitellään salassa pidettävän tiedon tietoturvan vaatimusten mukaisesti. Biopankin rekistereihin pääsee vain nimetyt henkilöt ja käyttöoikeuksia valvotaan.

Joissain biopankkitutkimuksissa voi olla erityinen syy toimittaa näyte ja tiedot tutkijalle henkilötiedoin. Tällöin biopankki edellyttää, että näytteenantaja on tehnyt erikseen asiaa koskevan suostumuksen juuri kyseistä tutkimusta varten.